Wszystkie leki przeciwzakrzepowe są przeciwwskazane u chorych z aktualnym lub niedawnym poważnym krwawieniem lub silną tendencją do krwawień np. z wrodzonymi chorobami takimi jak hemofilia. Także nadwrażliwość na lek w postaci uczulenia jest przeciwwskazaniem do ich stosowania. Pradaxy, Xarelto lub Eliquisu, czyli tzw. nowych leków przeciwkrzepliwych, nie wolno stosować u chorych z bardzo zaawansowaną chorobą nerek, w tym u osób poddawanych dializom, oraz tych z bardzo uszkodzoną wątrobą np. w przebiegu marskości wątroby. Szczegółowe przeciwwskazania do stosowania tych leków zamieszczono na ulotkach zawartych w opakowaniu; ulotki i informacje są także dostępne w Internecie. Wszelkie wątpliwości co do tego, czy lek rzeczywiście można bezpiecznie przyjmować należy omówić z lekarzem prowadzącym.