Polfenon jest jednym z leków antyarytmicznych stosowanych u pacjentów z napadowym migotaniem przedsionków. Nie wolno go jednak stosować u osób z chorobą wieńcową (inaczej choroba niedokrwienna serca) lub inną istotną chorobą strukturalną serca (np. chorobą mięśnia sercowego). Lek stosuje się albo przewlekle (najczęściej 3 x dziennie) w celu ograniczenia liczby nawrotów migotania przedsionków, lub tylko doraźnie w trakcie napadu arytmii (tzw. metoda użycia „tabletki z kieszeni”) – o ile wcześniej potwierdzono bezpieczeństwo takiego postępowania, np. w trakcie leczenia napadu migotania w Szpitalnym Oddziale Ratunkowym (SOR). Decyzję o leczeniu chorego polfenonem powinien podjąć lekarz opiekujący się pacjentem.