Przeciwwskazaniami do koronarografii są:

• zaawansowana niewydolność nerek,
• obrzęk płuc,
• ciężka skaza krwotoczna,
• czynne krwawienie z przewodu pokarmowego,
• świeżo przebyty udar mózgu,
• niedokrwistość,
• ciężkie nadciśnienie tętnicze,
• znaczne zaburzenia elektrolitowe,
• współistniejąca wyniszczająca choroba,
• zapalenie wsierdzia,
• niewyrównana cukrzyca.

W większości są to przeciwwskazania względne, co oznacza żew szczególnych przypadkach możne wykonać koronarografię mimo wymienionych przeciwwskazań. Ma to miejsce gdy lekarz uzna, że potencjalne korzyści z wykonania zabiegu przewyższają ryzyko z nim związane.